Năm 1993, Gainax xuất bản tài liệu thuyết trình về Shin Seiki Evangelion với tựa đề Shinseiki Evangelion (kari) kikakusho (新世紀エヴァンゲリオン (仮) 企画書, Shinseiki Evangelion (kari) kikakusho?), gồm phần tóm tắt ban đầu cho tập thứ 12.[1] Trong Kikakusho, 18-byō no kiseki (18秒の奇跡, 18-byō no kiseki?) là tựa đề tạm thời của tập phim.[2][3] Ban đầu, Angel — kẻ thù trong tập phim không phải là Sahaquiel, mà là một Turel — "tảng đá của Chúa",[4] và chỉ trong quá trình thực hiện, các giai đoạn mới thay đổi. Thiết kế gốc của Sahaquiel trông như một sợi dây mảnh, tương tự Armisael,[5] để cho khán giả thấy rằng kẻ thù trong Evangelion cũng có thể không phải là hình người.[6] Theo trợ lý đạo diễn bộ phim Tsurumaki Kazuya, kịch bản ban đầu gồm có một "Angel origami" có hình dạng giống dải Möbius.[7] Satsukawa Akio và đạo diễn tác phẩm Anno Hideaki là tác giả kịch bản,[8][9] còn Masayuki xử lý bảng phân cảnh.[10][11] Ishido Hiroyuki đảm nhận vai trò đạo diễn tập phim.[12][13] Shiteta Satoshi tham gia làm giám đốc hoạt hình,[14] trong khi Wogi Mitsumu là trợ lý thiết kế nhân vật.[15][16] Quá trình sản xuất còn có sự tham gia của các công ty khác, gồm Studio Ye Seong, Vega Enterteinment và Studio Deen.[14]

Gualtiero Cannarsi — nhân viên chỉnh sửa bản chuyển thể tiếng Ý đầu tiên, nhận xét rằng phân cảnh mở đầu đoạn hồi tưởng của Misato gần như được phác họa hoàn toàn dưới hiệu ứng màu nâu đỏ, ngoại trừ các yếu tố màu đỏ; sự lựa chọn này nhấn mạnh máu, làm nổi bật kịch tính của phân cảnh.[17] Ở phân cảnh Nam Cực với bố cục là một biển đỏ đầy những cột muối, các tác giả đã đưa ra ý tưởng từng trình bày trong tập cuối của loạt phim Fushigi no Umi no Nadia, trong đó nhân vật phản diện chính là Gargoyle trở thành tượng muối.[18][19] Theo nhà thiết kế nhân vật bộ phim Sadamoto Yoshiyuki, bối cảnh hậu tận thế và việc sử dụng các cuộn sách Biển Chết trong Shin Seiki Evangelion cũng là một "tác dụng phụ" của Nadia.[20] Kịch bản ban đầu của tác phẩm liên quan đến "tai nạn bốc hơi ở Biển Chết" thay vì vụ nổ ở Nam Cực.[21] Ngay cả phương châm mà Misato thốt ra trong chiến dịch chống lại Sahaquiel: "Giá trị của một phép màu chỉ trở thành hiện thực khi nó đã xảy ra" cũng lặp lại những cụm từ và chủ đề tương tự được trình bày trong các tác phẩm trước đây của Gainax, chẳng hạn như Nadia và Toppu o Nerae!.[22][23] Trước cuộc chiến, Rei nói rằng cậu không ăn thịt; để khắc họa tính cách của nhân vật, Anno vừa lấy cảm hứng từ kinh nghiệm cá nhân của anh khi còn là một người ăn chay lâu năm, vừa từ Arwol Nadia — nhân vật chính Fushigi no Umi no Nadia.[24]

Hayashibara Megumi, Miyamura Yuko, Nagasawa Miki và Iwao Junko — diễn viên lồng tiếng một số nhân vật chính trong tác phẩm, còn đóng vai những phát thanh viên trong nhiều đoạn khác nhau của "Kiseki no kachi wa".[25][26] Hayashibara đồng thời tham gia lồng tiếng một diễn giả DJ trong nền phân cảnh Shinji và Misato tranh cãi bên trong xe hơi.[27] Ngoài nhạc phim gốc do Sagisu Shiro sáng tác, đội ngũ sản xuất đã sử dụng bài hát "Bay side love story" của Okui Masami trong quá trình xây dựng tập phim.[28] Nữ ca sĩ đảm nhận bài hát nhạc hiệu mở đầu, Takahashi Yoko cũng thu âm thêm bài hát "Fly Me to the Moon" phiên bản 4beat, được sử dụng làm bài hát nhạc hiệu kết thúc của tập phim.[29][30]